Fenerbahçe, 2023-24 sezonunda Türkiye Kupası'na erken veda etti. Çeyrek finalde MKE Ankaragücü'ne konuk olarak Fenerbahçe, rakibine 3-0 mağlup olarak kupadan erken elendi. Fenerbahçe, TFF Süper Kupa'ya alt yaş takımıyla çıkma kararı verdi. Ligde yaşanan hakem kararlarına tepki gösteren sarı-lacivertli ekip, Galatasaray ile karşılaşacakları finale 19 yaş altı takımıyla çıktı. Maçın başında sahadan çekilen Fenerbahçe, 3-0 hükmen yenik sayıldı. Yeni sezonun başında Jose Mourinho'nun takımın başına gelmesi ise spor dünyasında yankı uyandırdı.
Fenerbahçe Futbol Takımı, 2024 yılını kupasız kapatıyor. Türkiye Kupası'nı kazanarak 2014'ten sonraki 9 yıllık kupa hasretine 2023'te teknik direktör Jorge Jesus yönetiminde son veren sarı-lacivertliler, 2024'te ise müzesine kupa götüremedi. Teknik direktör İsmail Kartal yönetiminde 2024 yılına giren Fenerbahçe, 2023-24 sezonunda ligdeki etkili futbolunu kupayla taçlandıramadı. Sezonda 99 puan alarak ligi 2. tamamlayan sarı-lacivertliler, Türkiye Kupası ve UEFA Konferans Ligi'ne de çeyrek finalde veda etti.
Fenerbahçe, 2024 yılında 55 resmi maça çıktı. Sarı-lacivertliler, 37 lig, 14 Avrupa, 3 Türkiye Kupası ve 1 de TFF Süper Kupa karşılaşmasında boy gösterdi. Fenerbahçe, bu maçların 29'unu İsmail Kartal, 26'sını ise Jose Mourinho önderliğinde oynadı ve 37 galibiyet, 9 beraberlik, 9 mağlubiyet yaşadı.
Fenerbahçe, 2023-24 sezonunda ligde 99 puan toplamasına karşın şampiyonluk sevinci yaşayamadı. Oynadığı futbolla beğeni toplayan sarı-lacivertliler, ligi 102 puanlı Galatasaray'ın arkasında ikinci sırada tamamladı.
Fenerbahçe, 2023-24 sezonunda Türkiye Kupası'na erken veda etti. Kupada 2022-23 sezonunda elde ettiği şampiyonluğu sonraki yıla da taşımak isteyen sarı-lacivertli ekip, 5. turda Adanaspor'u 6-0 yenerken, son 16 turunda Gaziantep FK'yi 2-0 ile kupanın dışına itti. Çeyrek finalde MKE Ankaragücü'ne konuk olarak Fenerbahçe, rakibine 3-0 mağlup olarak kupadan erken elendi.
Fenerbahçe, geçen yıl UEFA Konferans Ligi'ne de çeyrek finalde veda etti. Bu kulvarda 2. eleme turunda Zimbru, 3. eleme turunda ise Maribor'u geçen sarı-lacivertliler, play-off'ta Twente'yi 2 maçta da yenerek adını gruplara yazdırdı. H Grubu'nu 6 maç sonunda 12 puanla zirvede bitiren İsmail Kartal'ın ekibi, son 16 turunda Belçika'nın Union Saint-Gilloise takımıyla eşleşti. Zorlu eşleşmeden de galip çıkmayı başaran Fenerbahçe, çeyrek finalde Yunanistan'ın Olympiakos ekibiyle karşılaştı. Deplasmanda 3-2 mağlup olduğu rakibini sahasında 1-0 mağlup eden sarı-lacivertliler, penaltı atışları sonucunda kupanın dışında kaldı.
Fenerbahçe, TFF Süper Kupa'ya alt yaş takımıyla çıkma kararı verdi. Ligde yaşanan hakem kararlarına tepki gösteren sarı-lacivertli ekip, Galatasaray ile karşılaşacakları finale 19 yaş altı takımıyla çıktı. Maçın başında sahadan çekilen Fenerbahçe, söz konusu kupaya da ulaşamadı.
Fenerbahçe, 2024 yılında 11 oyuncu transferi yaptı. 2023-24 sezonunun devre arasında kadrosuna Leonardo Bonucci ve Rade Krunic'i bonservisiyle katan sarı-lacivertliler, Serdar Dursun ve Çağlar Söyüncü'nün bonservisini ise kiraladı. Fenerbahçe, 2024-25 sezonunda ise önceki sezon kiraladığı Çağlar'ın bonservisini satın almasının yanı sıra Levent Mercan, Oğuz Aydın, Cenk Tosun, Allan Saint-Maximin, Youssef En-Nesyri, Sofyan Amrabat ve Filip Kostic ile kadrosunu güçlendirdi.
Fenerbahçe Futbol Takımı'nı, 2024 yılında 2 teknik direktör çalıştırdı. Geçen sezona İsmail Kartal yönetiminde başlayan sarı-lacivertliler, ligi Galatasaray'ın ardından 2. sırada bitirdi. Söz konusu süreçte Fenerbahçe beğeni toplayan bir performans sergilemesine rağmen tecrübeli çalıştırıcıyla yollarını ayırdı. Kartal'ın ardından takımın başına Jose Mourinho getirildi.
Fenerbahçe, teknik direktör Jose Mourinho yönetiminde 2025 yılına istemediği bir noktada girdi. Ligde zirvenin 8 puan gerisinde kalan sarı-lacivertliler, 36 takımlı lig usulü oynanmaya başlanan UEFA Avrupa Ligi'nde de 21. sırada yer aldı.